Необходимым условием было наличие твердого скального основания (гранит, известняк) для установки полуторакилометрового кольцевого электромагнита, невысокая сейсмичность региона, наличие (либо близость) соответствующих коммуникаций и энергосетей. Первостепенными являлись также вопросы обеспечения безопасности эксплуатации создаваемого ускорителя, поскольку физических экспериментов при таких энергиях взаимодействующих частиц еще нигде в мире не производилось.

В итоге был выбран всё-таки вариант размещения будущего ускорителя в лесистой и малонаселенной местности в 15 км к западу от Серпухова, на левом берегу реки Протвы, в 5 км от впадения её в Оку.

Этот район Южного Подмосковья характерен тем, что здесь миллионы лет тому назад было море, которое оставило после себя своеобразный котлован на основе древних осадочных пород, составляющих Приокское плато Русской материковой платформы. Колебания почвы сейсмического характера здесь не могут превышать 3-4 баллов, а имеющееся обширное известняковое основание обеспечивает особую устойчивость. На месте будущего ускорителя располагался лесной массив, состоящий из смешанных пород с преимуществом хвойных пород. Забредающим в эти живописные и обильные на дары дикой природы места грибникам и ягодникам из Серпухова вряд ли представлялось тогда, что скоро здесь начнется грандиозная стройка, возникнет невиданное кольцо ускорителя и многоэтажный город для тех, кто сюда приедет жить и работать…

Практически сразу вслед за принятием решения Совета Министров СССР о сооружении научно-исследовательского комплекса ускорителя начались не только проектно-конструкторские работы по созданию электрофизического оборудования для него, но и проектные работы по строительству первых домов жилпоселка. В ГСПИ, в мастерской архитектора Корина вскоре был создан первый проект будущего города физиков.

В настоящее время в городе работают 9 академических институтов и астрокосмический центр ФИАН. Значительная часть из 20 тысяч населения - это ученые биологи, занимающиеся как фундаментальной наукой, так и научными разработками, внедряющимися в практику повседневной жизни.

За короткий срок Пущино стал крупнейшим центром научных исследований в области биологии, широко известным как в стране, так и за рубежом. Многие фундаментальные исследования ученых Центра удостаивались  государственных премий. Таким высоким достижениям научный центр обязан выдающимся ученым академикам Г.М. Франку, Г.К. Скрябину, Ю.А. Овчинникову, А.А. Баеву, А.С. Спирину, В.А. Ковде.

Город Пущино, несмотря на молодость, имеет  богатую историю края.  Эта территория  -  древняя часть Подмосковья. Именно здесь вятичи  заселились основательно в эпоху неолита. На территории города обнаружены древние поселения, а недалеко от него - город-крепость Тешилов. Этот крупнейший центр впервые упоминается в летописях 1147 года в связи с переговорами в Москве великого князя суздальского Юрия Долгорукого с великим князем Святославом Ольговичем из Тешилова.

Уже в апреля 1958 года на место строительства (тогда еще имевшего статус «вероятного») прибыла изыскательская экспедиция ГСПИ № 1. Согласно воспоминаниям старожилов, в составе группы были геодезисты А.Г. Журавлев, В.В. Графов и другие «первопроходцы», вооруженные теодолитами, нивелирами, а также топорами и лопатами, поскольку в отдельных местах надо было буквально «прорубаться» сквозь лесную чащу. Изыскательские работы, включавшие в себя топографическую съемку, прокладку трасс будущих инженерных сетей, обустройство временного поселка, проводились в течение ряда месяцев.

И вот 9 августа 1958 г. было издано распоряжение СМ РСФСР об отводе крупного земельного участка (1079 га) под размещение ускорителя и жилищное строительство в Серпуховском районе Московской области. С этого момента стало окончательно ясно: стройке быть здесь! В декабре 1959 г. распоряжением СМ РСФСР отведено 41 га под создание базы стройиндустрии (БСИ) и автодороги, затем дополнительно отведено еще 176 га. Вскоре здесь возникает один из мощнейших строительных комплексов в Московской области, организованный на основе Управления строительства № 620, переведенного сюда из Дубны (возглавлял стройуправление в это время М.М. Царевский, которого вскоре сменил С.Ф. Мальцев). И – началось…

Согласно архивным записям, 10 января 1960 г. были начаты земляные работы по сооружению полуторакилометрового кольцевого котлована «под ускоритель».

Именно в этот день экскаваторщиком А.В. Фроловым был вынут первый кубометр грунта. Всего здесь предстояло «перелопатить» ни много, ни мало - 384 тысячи кубометров земли. Работы по сооружению кольца велись "вскрышным методом", причем строители с самого начала старались наносить возможно меньший ущерб окружающей природе. Фундамент под будущий кольцевой зал ускорителя заливался бетоном в кольцевой же траншее, а лес вокруг оставался нетронутым. Вскоре были начаты и работы по возведению первых жилых зданий поселка, получившего свой первый почтовый адрес: Московская область, Серпухов-7. Почему «7»? Просто к тому времени в Серпуховском районе было 6 почтовых отделений, и вот теперь пришла пора организовывать седьмое. А собственное имя у нового поселка появилось не сразу: первым делом надо было его построить.

Вот как было описано начало биографии города в газете того времени:

«При желании имя этому юному городку можете предложить и вы. Здешние строители объявили конкурс на эту тему. Того счастливчика, который придумает самое красивое, современное и гордое название, ожидает приятный подарок – телевизор «Рубин».
Ну, а пока городок день ото дня безымянно мужает и ширится, раздвигая сосновые чащи, удлиняя автобусные маршруты, украшаясь цветниками и обрастая телеантеннами. Среди бережно сохраненных деревьев уютно расположились новехонькие улицы, тоже не имеющие пока звучных имен: попросту Первая, Вторая, Третья… Магазины, школа -одиннадцатилетка, бытовой комбинат – каждый объект строится на собственной лесной поляне.У городов помнится лишь год рождения. Но на стройке я познакомился с молодым инженером, ныне техническим инспектором базы строительной индустрии Феликсом Коркиани. Он уверенно назвал день – 19 апреля 1960 года. И при этом указал на уже укатанный асфальт тротуара: именно вот здесь это было. Тем апрельским утром именно здесь Феликс, прибывший со строителями из Дубны, сделал первый памятный взмах топором. Пробудив тишину чащобы, рухнуло, освобождая первый «пятачок», дерево. И вслед торжествующим салютом вперебой зазвучала традиционная фраза всех зачинателей – строителей: «Тут будет город заложен!»
На месте той весенней просеки теперь пронумерованным строем расположились четырехэтажные дома Первой улицы, на которой получили солнечные квартиры и Феликс Коркиани, и его бывалые товарищи…... Скромно и задорно выглядят маленькие деревянные воротца у начала промышленной площадки, на которых призывно красуются три звонких слова: Ударная комсомольская стройка». Повсюду – на объектах и дорогах, в бульдозерах и в подсобных строительных цехах – видишь загорелых и подвижных парней и девчат. Начальник строительства Станислав Филиппович Мальцев с искренним удовольствием диктовал мне в блокнот фамилии тех, чьей работой, чьим энтузиазмом он, бывалый строитель, еще недавно возводивший Дубну, был сейчас восхищен… Бригады маляров Богомолова и Матвеева, слесарь Потехин, арматурщик Кравчук, инженеры Плотников и Горлов, главные инженеры Ромашкин, Жилинский, Угрюмов…Казалось, начальник строительства готов был передиктовать список чуть ли не всего своего коллектива…
Какого имени заслуживает вся эта удивительная и уникальная по своей сложности и слаженному ритму работы необыкновенная стройка? Действительно, этому месту, этому городу нужно щедро придумать самое красивое, современное и гордое название…»

К сожалению, история не сохранила подробностей того, кем конкретно и когда было предложено нынешнее привычное имя города, был ли востребован обещанный телевизор «Рубин». Известно лишь, что решением исполкома Мособлсовета от 22 января 1965 г. населенному пункту с почтовым индексом «Серпухов-7» присвоен статус рабочего поселка городского типа (РПГТ) и утверждено название – «Протвино». И теперь вполне естественно воспринимается тот факт, что именно небольшая среднерусская река, причудливо петляющая между Московской и Калужской областями, и дала свое имя будущему городу, тем более что никаких прочих населенных пунктов в этом месте не было.

Надо отметить, что название оказалось на редкость удачным, поскольку в нем, помимо названия реки, чудесным образом сочетается целый ряд смысловых ассоциаций, начиная с ключевого научного термина «протон»…